수천년전 정령이 살아 숨쉬던 원시세계에 석기시대가 출현하기 이전 원시인과 각 페트들은 서로를 위하며 평화롭게 살아간다. 그러나 인간은 자신의 생활속의 편리와 요구를 만족하기위해 점차 다량의 자연생태계자원을 파괴하게 되고... 

이로 인해 세계의 평화는 위기를 맞게 되고, 정령과 페트의 생존 공간이 계속해서 파괴되어 갔다.

자연은 이미 세상에서 찾아 볼 수 없게 되었고 세상은 살얼음 같은 기계세계로 변하게 된다. 2000 년 전 이 세계가 극도의 발달로 인해 자멸하기 전에 세상에 존재하던 정령왕은 극도의 혼란을 일으키던 세상의 모든 기계문명을 없애고 자연이 살아 숨쉬는 원시 니스대륙을 건설한다.

마을을 건설하는 도중에 각각 다른 힘을 가진 빛의 정령왕과 암흑의 정령왕이 서로 대립하게 되고... 둘의 힘이 대륙을 건설하는데 있어서 전혀 융합되지 못한다는 것을 알게된 정령왕 들은 서로 싸워 지는 쪽이 봉인 당하기로 하고 승부를 펼치게 된다. 

빛의 정령왕은 암흑의 정령왕을 제압하여 봉인시키던 중.. 실수로 자신도 함께 칠흑의 깊은 곳으로 떨어지게 된다. 그곳은.. 기계문명의 잔류물인 기계오르곤인.. 골로스가 지키게 되고......

페트가 환생하는 힘을 통제하기를 수년후 정령왕이 있는 위치를 알게된 땅의정령 마리비아.. 정령왕을 구하러 먼저 떠났다가 기계오르곤의 습격으로 실패하게 되고 모든 정령도 니스대륙에 산산히 흩어지게된다. 천년이 흐른뒤 정령들이 모여 기억을 상실한 정령소녀로 변하게 된다.

빛의 정령왕은 우연히 그녀를 만나게 되며 모든 기억을 회복시킬수있게 그녀를 돕게된다.

마리비아와의 만남도중 유저는 그녀의 신분과 사명을 알게되며 그녀가 정령왕과 만나려는 소원을 이루기 위해 도와주게 되는데... 그와중에 지금으로부터 10년전 니스대륙의 큰지진으로 인해 봉인되었던 암흑의 정령왕이 봉인에서 풀린 사실을 알게된다.

암흑의 정령왕이 봉인을 뚫어버린 힘은 모든 니스대륙을 파괴하기에 충분하였고 이일로 인해 바다의 정령 마리너스와 포루섬의 영웅인 샴기르도 나서게 된다. 

암흑의 정령왕은 니스대륙에 엄청난 분열이 일으켰지만 모든 대륙을 파멸시키게 하지 않는다. 유저는 제일 위험한 순간인 역사의 한 장면을 지켜보고 마리비아와 함께 암흑의 정령왕 고향인 [천공의 섬]에 오게 된다.

이곳에서 유저는 천공의 시련을 받게 된다. 이 시련을 이겨내는 자만이 암흑의 정령왕이 인정하는 용사!　이겨낸 자만이 얻을 수 있다는 암흑 정령왕의 힘인 신비한 마법의 힘.. 

이 힘을 얻고 정령왕을 찾아간 곳에.. 암흑의 정령왕은 이미 니스 대륙에서 멀리떨어진 곳에 자신의 이상이 담긴 새로운 대륙을 건설하고 있다는 걸 알게 되는데......

암흑정령왕을 찾아 신대륙으로 건너가야 하는가.. 아니면 니스대륙의 평화를 위해 남을 것인가는 자신이 직접 결정하면 된다.